COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 12.391568 12.391568 13.385977
2021-04-27 17:00:00 10.507393 10.507393 13.549364
2021-04-26 17:00:00 15.321249 15.321249 13.820771
2021-04-25 17:00:00 14.524942 14.524942 14.013990
2021-04-24 17:00:00 12.559996 12.559996 14.184076
2021-04-23 17:00:00 14.922159 14.922159 14.373505
2021-04-22 17:00:00 14.445795 14.445795 14.607638

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 9.757442 9.757442 9.554831
2021-04-27 17:00:00 4.684789 9.427415 9.690018
2021-04-26 17:00:00 10.874439 9.443954 9.556491
2021-04-25 17:00:00 9.265010 9.265010 9.844118
2021-04-24 17:00:00 7.298881 7.298881 9.999465
2021-04-23 17:00:00 9.421586 9.421586 10.214596
2021-04-22 17:00:00 14.027694 14.027694 10.477533

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 22.341697 22.341697 21.399014
2021-04-27 17:00:00 12.693935 22.990127 21.260702
2021-04-26 17:00:00 5.549390 17.758047 21.295072
2021-04-25 17:00:00 20.375000 20.375000 21.172073
2021-04-24 17:00:00 21.536351 21.536351 21.300606
2021-04-23 17:00:00 23.020706 23.020706 21.398927
2021-04-22 17:00:00 23.276836 23.276836 21.674725

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 13.941627 13.941627 13.572708
2021-04-27 17:00:00 12.332440 12.332440 13.585493
2021-04-26 17:00:00 11.419753 14.024669 13.618086
2021-04-25 17:00:00 19.032639 14.460711 13.666162
2021-04-24 17:00:00 16.253361 16.253361 13.677492
2021-04-23 17:00:00 15.605014 12.049117 13.734205
2021-04-22 17:00:00 12.484472 12.484472 13.921150

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 10.473107 10.473107 12.542423
2021-04-27 17:00:00 11.267798 11.267798 12.682946
2021-04-26 17:00:00 17.180381 24.778880 12.691952
2021-04-25 17:00:00 13.038892 13.038892 12.638581
2021-04-24 17:00:00 10.898651 10.898651 12.633767
2021-04-23 17:00:00 12.517474 12.517474 12.598895
2021-04-22 17:00:00 10.968963 10.968963 12.630197

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 16.508100 24.685009 27.105238
2021-04-27 17:00:00 23.136000 23.136000 27.186313
2021-04-26 17:00:00 35.670732 35.670732 27.673434
2021-04-25 17:00:00 30.981120 30.981120 28.112821
2021-04-24 17:00:00 25.665102 25.665102 28.260858
2021-04-23 17:00:00 30.812169 30.812169 28.924473
2021-04-22 17:00:00 28.426682 28.426682 29.572819

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 inf 5.947955 8.842041
2021-04-27 17:00:00 9.226190 9.226190 9.265030
2021-04-26 17:00:00 9.099181 5.310674 9.448499
2021-04-25 17:00:00 8.936377 8.936377 9.593731
2021-04-24 17:00:00 10.548087 10.548087 9.409626
2021-04-23 17:00:00 12.133072 12.133072 9.493950
2021-04-22 17:00:00 11.462882 11.462882 9.812892

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 5.860607 5.860607 6.109753
2021-04-27 17:00:00 5.114658 5.114658 6.076536
2021-04-26 17:00:00 12.294350 5.260860 6.055571
2021-04-25 17:00:00 7.483423 6.479304 6.070094
2021-04-24 17:00:00 6.786384 6.786384 6.139801
2021-04-23 17:00:00 7.096362 7.096362 6.228748
2021-04-22 17:00:00 6.940547 6.940547 6.291299

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 12.453532 12.453532 11.785018
2021-04-27 17:00:00 9.418403 9.418403 11.902538
2021-04-26 17:00:00 16.260163 9.157509 12.070435
2021-04-25 17:00:00 13.906057 13.906057 12.123896
2021-04-24 17:00:00 12.590253 12.590253 12.283968
2021-04-23 17:00:00 13.909774 13.909774 12.417912
2021-04-22 17:00:00 12.286563 12.286563 12.630857

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 13.163001 13.163001 13.399508
2021-04-27 17:00:00 10.014631 10.014631 13.411579
2021-04-26 17:00:00 11.082867 13.757832 13.828601
2021-04-25 17:00:00 13.492935 13.492935 14.222865
2021-04-24 17:00:00 14.036898 14.036898 14.826550
2021-04-23 17:00:00 15.063746 15.063746 15.507742
2021-04-22 17:00:00 15.045574 15.045574 16.324909

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 11.418816 11.418816 12.285391
2021-04-27 17:00:00 10.674964 10.674964 12.312961
2021-04-26 17:00:00 16.803279 12.835821 12.377104
2021-04-25 17:00:00 12.871287 12.871287 12.538323
2021-04-24 17:00:00 12.494558 12.494558 12.656765
2021-04-23 17:00:00 14.386584 14.386584 12.688069
2021-04-22 17:00:00 13.412229 13.412229 12.789024

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 2.790698 2.790698 4.620999
2021-04-27 17:00:00 0.967742 0.967742 4.682728
2021-04-26 17:00:00 4.747774 4.747774 4.769094
2021-04-25 17:00:00 3.892617 3.892617 4.994902
2021-04-24 17:00:00 10.132159 10.132159 5.158835
2021-04-23 17:00:00 3.356890 3.356890 5.385597
2021-04-22 17:00:00 9.450830 9.450830 5.647836

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 4.837431 4.837431 5.793075
2021-04-27 17:00:00 3.067093 3.973510 5.734840
2021-04-26 17:00:00 1.626016 5.345779 5.492020
2021-04-25 17:00:00 8.909574 8.909574 5.525826
2021-04-24 17:00:00 6.614447 6.614447 5.511607
2021-04-23 17:00:00 5.919854 5.919854 5.376096
2021-04-22 17:00:00 7.947020 7.947020 5.215090

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 42.272727 42.272727 35.528088
2021-04-27 17:00:00 31.560284 31.560284 35.176082
2021-04-26 17:00:00 15.533981 36.217304 35.200023
2021-04-25 17:00:00 30.536913 30.536913 35.420343
2021-04-24 17:00:00 25.597270 25.597270 35.263969
2021-04-23 17:00:00 37.065637 37.065637 36.051570
2021-04-22 17:00:00 45.814978 45.814978 36.559943

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 18.799493 18.799493 15.464183
2021-04-27 17:00:00 11.251687 11.251687 15.529451
2021-04-26 17:00:00 19.825480 9.347486 15.395733
2021-04-25 17:00:00 20.148331 20.148331 15.288391
2021-04-24 17:00:00 12.299625 12.299625 15.285728
2021-04-23 17:00:00 18.421053 18.421053 15.419501
2021-04-22 17:00:00 21.028440 21.028440 15.619433

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 32.871795 32.871795 38.256986
2021-04-27 17:00:00 23.208791 23.208791 38.530047
2021-04-26 17:00:00 17.427841 43.533065 37.694198
2021-04-25 17:00:00 50.376884 50.376884 37.847358
2021-04-24 17:00:00 35.154062 35.154062 38.253806
2021-04-23 17:00:00 59.243697 59.243697 38.328928
2021-04-22 17:00:00 46.039845 46.039845 38.701331

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 8.291457 8.291457 8.475298
2021-04-27 17:00:00 6.222639 6.222639 8.548988
2021-04-26 17:00:00 7.640068 8.618731 8.665495
2021-04-25 17:00:00 6.759907 9.274065 8.852269
2021-04-24 17:00:00 8.710562 8.710562 8.929598
2021-04-23 17:00:00 8.800264 8.800264 9.036829
2021-04-22 17:00:00 9.185102 9.185102 9.057361

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 10.914356 10.914356 11.382946
2021-04-27 17:00:00 9.838811 9.838811 11.498651
2021-04-26 17:00:00 13.981167 11.742736 11.740561
2021-04-25 17:00:00 16.541940 11.816461 11.810894
2021-04-24 17:00:00 12.196480 12.196480 11.924332
2021-04-23 17:00:00 9.869468 9.869468 12.076821
2021-04-22 17:00:00 12.641003 12.641003 12.269469

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 9.746835 9.746835 10.975514
2021-04-27 17:00:00 8.161351 13.852408 10.905056
2021-04-26 17:00:00 17.300469 9.128065 10.826568
2021-04-25 17:00:00 11.968918 11.968918 10.953658
2021-04-24 17:00:00 10.217968 10.217968 11.068537
2021-04-23 17:00:00 10.783787 10.783787 11.241141
2021-04-22 17:00:00 11.855142 11.855142 11.408087

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 11.251435 11.251435 13.066445
2021-04-27 17:00:00 9.846154 9.846154 13.094296
2021-04-26 17:00:00 21.739130 13.591596 13.315275
2021-04-25 17:00:00 17.706577 17.706577 13.618212
2021-04-24 17:00:00 13.671875 13.671875 13.719193
2021-04-23 17:00:00 20.120120 15.765766 14.068718
2021-04-22 17:00:00 17.070218 12.893462 14.285450

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 20.218579 20.218579 25.529003
2021-04-27 17:00:00 19.230769 19.230769 24.907269
2021-04-26 17:00:00 76.811594 31.641791 26.336525
2021-04-25 17:00:00 28.089888 28.089888 26.140800
2021-04-24 17:00:00 29.032258 29.032258 26.215263
2021-04-23 17:00:00 27.607362 27.607362 26.221484
2021-04-22 17:00:00 22.674419 22.674419 26.758552

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-28 17:00:00 24.503817 24.503817 26.356199
2021-04-27 17:00:00 21.131323 21.131323 26.037356
2021-04-26 17:00:00 19.822156 35.068544 26.555312
2021-04-25 17:00:00 26.621622 26.621622 26.485280
2021-04-24 17:00:00 14.898489 26.794784 26.439796
2021-04-23 17:00:00 73.352232 26.834327 26.268492
2021-04-22 17:00:00 23.981900 23.981900 26.162992

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 9.757442 9.757442 9.554831
Basilicata 22.341697 22.341697 21.399014
Calabria 13.941627 13.941627 13.572708
Campania 10.473107 10.473107 12.542423
Emilia-Romagna 16.508100 24.685009 27.105238
Friuli Venezia Giulia inf 5.947955 8.842041
Lazio 5.860607 5.860607 6.109753
Liguria 12.453532 12.453532 11.785018
Lombardia 13.163001 13.163001 13.399508
Marche 11.418816 11.418816 12.285391
Molise 2.790698 2.790698 4.620999
P.A. Bolzano 4.837431 4.837431 5.793075
P.A. Trento 42.272727 42.272727 35.528088
Piemonte 18.799493 18.799493 15.464183
Puglia 32.871795 32.871795 38.256986
Sardegna 8.291457 8.291457 8.475298
Sicilia 10.914356 10.914356 11.382946
Toscana 9.746835 9.746835 10.975514
Umbria 11.251435 11.251435 13.066445
Valle d'Aosta 20.218579 20.218579 25.529003
Veneto 24.503817 24.503817 26.356199

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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